Coronavirus et Covid-19

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Du simple rhume au syndrome respiratoire aigu sévère

Les coronavirus constituent une famille de virus dont certains peuvent infecter les humains, entraînant le plus souvent des symptômes bénins de type rhume. Néanmoins, trois épidémies mortelles sont déjà survenues au 21e siècle, dont celle en cours. Elles impliquent des coronavirus émergents, hébergés par des animaux et soudain transmis à l’homme : les SRAS-CoV et le MERS-CoV.
Alors que l’épidémie liée au coronavirus SARS-CoV-2 s'est propagée dans le monde, la recherche se mobilise pour accélérer la production des connaissances sur ce virus, sur la maladie qu'elle provoque (Covid-19) ainsi que les moyens de la guérir et de la prévenir.

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Dossier réalisé en collaboration avec Eric D'Ortenzio (REACTing), Yazdan Yazdanpanah (unité Inserm 1137, Université Paris-Diderot, service des Maladies infectieuses et tropicales, Hôpital Bichat-Claude-Bernard, Paris) et Bruno Lina (CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Inserm U1111, CNRS, UCBL1 UMR5308, ENS de Lyon)

SARS-CoV-2/Covid-19 - Point sur les connaissances, novembre 2020

Que sait-on du virus SARS-CoV-2 ?

Le SARS-CoV-2 appartient à la famille des coronavirus (CoV), dénomination liée à la « couronne » que forment certaines protéines à la surface de ces virus. Il a été identifié pour la première fois à Wuhan en Chine, en décembre 2019.

Plusieurs coronavirus sont déjà connus pour être capables d’infecter les humains : trois coronavirus saisonniers responsables de symptômes hivernaux sans gravité (rhumes), le SARS-CoV responsable du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et le MERS-CoV responsable d’une atteinte respiratoire potentiellement sévère (Middle East Respiratory Syndrome). Le SARS-CoV-2 est le septième coronavirus pathogène pour l'Homme. Il est responsable de la maladie Covid-19 (COronaVIrus Disease 2019).

À gauche : des virus SARS-CoV-2 accrochés aux cils de cellules épithéliales humaines en culture, observés par microscopie électronique à transmission. À droite : une cellule infectée par le virus. © Manuel Rosa-Calatrava, Inserm ; Olivier Terrier, CNRS ; Andrés Pizzorno, Signia Therapeutics ; Elisabeth Errazuriz-Cerda UCBL1 CIQLE. VirPath (Centre international de recherche en infectiologie, unité Inserm 1111 - UMR 5308 CNRS - ENS Lyon - UCBL1). Colorisée par Noa Rosa C.

SARS-CoV-2 est un virus à ARN enveloppé, dont le génome (30 kilobases) code pour 15 gènes dont 4 correspondant à des protéines de structure : une protéine de surface (protéine Spike ou S), une protéine de membrane (M), une protéine d'enveloppe (E) et une protéine de nucléocapside (N).

Ce génome présente 79% d’homologie avec le SARS-CoV et 52% d’homologie avec le MERS-CoV. Le coronavirus dont il est le plus proche phylogénétiquement est RaTG13-CoV, un coronavirus qui infecte les chauves-souris (96% d’homologie).

Le SARS-CoV-2 mute-t-il ?

D’une manière générale, les virus à ARN peuvent muter plus facilement que les virus à ADN. Cela tient à leur façon de répliquer leur génome lorsqu’ils se multiplient, un processus qui a tendance à générer des erreurs. Toutefois, comme d’autres coronavirus, SARS-CoV-2 est plutôt stable car il possède une enzyme qui corrige ces erreurs (une exoribonucléase). Depuis le début de l’épidémie, plusieurs dizaines de mutations du SARS-CoV-2 ont été décrites dans la littérature. Le plus souvent, il s’agit de la modification d’un seul nucléotide, mais des délétions de gènes sont aussi rapportées.

À ce jour, il n’y a pas d’élément pour dire que certaines de ces mutations rendent le virus plus virulent, c'est-à-dire capable de provoquer une maladie plus grave. Toutefois, certaines mutations récemment apparues, notamment celles portées par le "variant britannique", semble conférer au virus une plus grande infectiosité : il pourrait se transmettre plus facilement de personne à une personne.

Quelle est son origine ?

L’origine du SARS-CoV-2 n’est pas totalement élucidée. Particulièrement fréquents chez certains animaux, les coronavirus ne franchissent qu’épisodiquement la barrière d’espèces pour infecter l’Homme. Il existe cependant des exceptions, comme le SARS-CoV qui a été accidentellement transmis à l’Homme via la consommation de civettes masquées et le MERS-CoV via les dromadaires.

Le SARS-CoV-2 est génétiquement plus proche des virus infectant les chauve-souris que du MERS-CoV ou du SARS-CoV. Mais, jusqu’à présent, aucune transmission virale directe n’a été décrite entre cette espèce et l’humain. C’est pourquoi les chercheurs estiment probable que la transmission à l’Homme a eu lieu par le biais d’une espèce hôte intermédiaire. Le pangolin a été initialement identifié comme porteur d’un coronavirus proche du SARS-CoV-2, toutefois plusieurs éléments laissent douter de cette possibilité, notamment parce que les séquences génétiques du virus responsable de l’épidémie actuelle et celles du coronavirus qui infecte le pangolin conservent des différences significatives.

Restent deux hypothèses :

  • le virus aurait été transmis de la chauve-souris à l’Homme via une espèce animale non encore identifiée ;
  • le virus aurait circulé depuis plusieurs années chez l’Homme, à bas bruit, jusqu’à ce qu’une mutation récente l’ait rendu plus virulent et pathogène.

Aucune donnée ne va dans le sens d’un échappement accidentel du virus depuis un laboratoire.

À lire aussi dans le Journal du CNRS : « La question de l'origine du SARS-CoV-2 se pose sérieusement » (27.10.20)

Comment ce virus se transmet-il ?

Le SARS-CoV-2 se transmet depuis une personne infectée vers une personne non infectée par deux voies principales :

  • le contact direct avec la personne infectée ou une surface qu’elle a contaminée ;
  • la transmission aérienne (ou aéroportée) du virus via des gouttelettes ou un aérosol émis par la personne infectée

Des gouttelettes (1 µm à 1 mm) sont émises par notre bouche et notre nez lorsque nous parlons, crions, chantons, toussons ou éternuons. Les aérosols correspondent quant à eux à des suspensions de particules plus petites (quelques nanomètres à 100 µm), à l’image de la vapeur produite par notre respiration par temps froid. Il existe en réalité un continuum entre gouttelettes et aérosol qui, dans la pratique, rend artificielle la distinction entre ces deux modes de vectorisation du virus.

Concrètement, en l’absence de masque, une personne infectée émet des gouttelettes chargées de virus, dont les plus grosses se déposent par gravité sur les surfaces à proximité immédiate. Une personne saine peut alors s’infecter en touchant la zone contaminée avec les mains puis en les portant à sa bouche, son nez ou ses yeux. Le virus peut persister plusieurs heures sur une surface inerte contaminée. La durée de sa persistance varie selon la nature de la surface, les conditions de température, d’humidité et de luminosité environnantes.

Mais ce n’est pas tout : plus le diamètre des gouttelettes émises par la personne infectée est faible, plus ces gouttelettes peuvent être entraînées à distance par l’air ambiant, et y rester en suspension. Le virus peut ainsi s’accumuler dans l’air intérieur d’un local mal ventilé et conduire à sa transmission aéroportée.

À lire aussi : SARS-CoV-2 : actualisation des connaissances sur la transmission du virus par aérosols (Avis du Haut Conseil de la santé publique du 23.07.20)

Le virus est rarement présent dans le sang, le sperme, les sécrétions vaginales, les urines ou les selles. En réalité, cette situation concernerait essentiellement des personnes qui ont développé une forme grave de la maladie. Quoi qu’il en soit, aucun cas de transmission par ces différentes voies n’a été rapporté. Par ailleurs, les cas de transmission intra-utérine (au cours d’une grossesse, voir plus loin) sont exceptionnels et le virus n’a pas été identifié dans le lait maternel.

Risque de transmission du SARS-CoV-2 par des personnes asymptomatiques dans différentes situations. En vert : risque faible. En orange : risque modéré. En rouge : risque fort.

Quand est-on contagieux ?

Il se déroule en moyenne 5 à 8 jours entre l’infection par le virus et la possibilité de le transmettre à un tiers, que l’on développe des symptômes ou non. Le risque de transmission est maximal à l’apparition de ces symptômes (lorsqu’on en a), mais il débute en moyenne 2 à 3 jours avant. Ce risque diminue ensuite progressivement à partir du 7e jour suivant l’apparition des symptômes. Il devient limité au-delà de 10 jours et exceptionnel après 14 jours. Attention, ces durées ne sont que des moyennes : plus les symptômes sont sévères et persistent, plus la possibilité de transmettre le virus se prolonge.

SARS-CoV-2 / Covid-19 : Quand est-on contagieux ?

Et les enfants ? Au regard de l’épidémiologie en France ou dans d’autres pays, ils semblent jouer un rôle limité (notamment lorsqu’ils ont moins de 10 ans), mais non nul, dans la transmission de SARS-CoV-2. On estime probable que les enfants aient en outre moins de risque d’être infectés que les adultes lorsqu’ils sont en contact avec une personne contagieuse.

Comment l’infection par le virus se déroule-t-elle ?

Le virus pénètre dans l’organisme via les voies aériennes, depuis le nez et la bouche. Une partie de sa protéine de surface (la région RBD de la protéine S) se fixe au récepteur ACE2 exprimé à la surface des cellules qui tapissent nos voies respiratoires. Une autre protéine cellulaire (TMPRSS2) permet ensuite au virus de pénétrer dans la cellule. Une fois à l’intérieur, il utilise la machinerie cellulaire de l’hôte pour s’y multiplier. De nouveaux virions se forment et vont infecter de nouvelles cellules.

Cycle virale du SARS-CoV-2 et cibles thérapeutiques à l'étude
Le cycle viral du SARS-CoV-2 et les cibles thérapeutiques à l’étude ©Inserm/Camille Henry

Ainsi, l’affinité de la liaison entre la protéine S et le récepteur ACE2 détermine le niveau de la réplication virale et la sévérité de la maladie. Bloquer expérimentalement le récepteur ACE2 ou TMPRSS2 permet d’empêcher le virus de pénétrer dans les cellules et se répliquer.

Le récepteur ACE2 est présent à la surface d’autres cellules que celles du tissu respiratoire, comme au niveau du système digestif, du cœur ou des vaisseaux sanguins… Ceci explique vraisemblablement l’existence de symptômes extrapulmonaires. Mais le mécanisme par lequel les récepteurs ACE2 sont activés au niveau de ces organes reste à déterminer.

Comment notre organisme réagit-il à cette infection ?

L’infection déclenche rapidement la production de molécules impliquées dans l’inflammation, un moyen naturel de lutte contre les infections : des cytokines (IL-6, IL-8, IL-10…) et d’autres médiateurs (TNF-alpha). Ces molécules exercent une action antivirale locale et attirent des cellules immunitaires capables d’éliminer les cellules infectées (monocytes, macrophages, lymphocytes T).

Si cette réponse initiale est inefficace, la production des cytokines devient anormale et engendre un phénomène hyperinflammatoire : cet évènement, appelé orage cytokinique, survient souvent autour du 8e jour suivant le début des symptômes. Il induit une réponse immunitaire incontrôlée dont les conséquences peuvent mettre en jeu le pronostic vital et imposer une admission en réanimation.

Que sait-on de la Covid-19 ?

Quels sont les symptômes de la maladie ?

La façon dont se manifeste la Covid-19 est très hétérogène et une part non négligeable des personnes qui sont infectées ne développent pas de symptômes. Il est difficile d’évaluer exactement cette proportion, puisque, par définition, aucun signe clinique ne permet de les identifier. Néanmoins, la littérature internationale suggère qu’ils représentent entre 20 et 50% des patients infectés.

Chez les autres, la nature et la sévérité des symptômes est variable. Les manifestations les plus fréquemment citées par les patients, quel que soit leur âge, sont les signes classiques d’infection respiratoire : fièvre et toux. L’infection peut aussi provoquer une accumulation de liquide dans les bronchioles et engendrer une gêne respiratoire (dyspnée).

D’autres symptômes peuvent accompagner ou remplacer ces symptômes, de façon moins systématique : douleurs musculaire (myalgies), maux de tête (céphalées), maux de gorge, congestion nasale, nausées, vomissements, diarrhées… La survenue brutale d’une perte de goût (agueusie) ou d’odorat (anosmie) en l’absence de rhinite peut aussi être un signe de Covid-19.

Sur le plan dermatologique, certaines personnes développent un érythème (rougeur) ou une éruption, et plus rarement des engelures notamment au niveau des orteils. Des études, confortés par les données de la littérature, suggèrent que ces dernières pourraient découler d’une immunité innée très (trop ?) efficace contre le SARS-CoV-2.

Enfin, en particulier chez les personnes âgées et lorsque aucune autre cause n’est identifiable, certains signes apparus brutalement peuvent être des signes atypiques de la maladie, comme des malaises, des chutes à répétition ou un état confusionnel.

Comment la maladie évolue-t-elle ?

Dans 80% des cas environ, les symptômes restent légers ou modérés et disparaissent après 5 à 14 jours. Chez certains, la gêne respiratoire liée à l’accumulation de liquide dans les bronchioles peut conduire à un manque d’oxygénation du sang et nécessiter une hospitalisation.

La plupart des formes graves se développent dans la deuxième semaine suivant l’apparition des symptômes, lorsqu’un syndrome hyperinflammatoire survient dans la continuité de l’accumulation de liquide dans les voies respiratoires. Celui-ci peut conduire à une insuffisance respiratoire, voire à un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) imposant l’admission en réanimation.

D’autres complications potentiellement graves peuvent aussi apparaître, comme une insuffisance rénale, des troubles du rythme cardiaque, des événements thromboemboliques (formation de caillots dans la circulation sanguine), des surinfections bactériennes ou une septicémie.

La maladie laisse-elle des séquelles ?

La connaissance des séquelles de la maladie à long terme s’acquiert au fur et à mesure du suivi des premières cohortes de patients. Pour l’heure, la fatigue et la dyspnée semblent pouvoir persister chez certains patients plusieurs semaines, voire plusieurs mois après le début de la maladie. Les malades qui présentent une arythmie cardiaque au cours de la maladie peuvent conserver des troubles cardiaques après leur guérison. Il n’est pas possible de connaître précisément la durée et la nature de ces séquelles pour l’instant. Les données recueillies dans le passé concernant le SRAS ou le MERS laissent penser que les troubles cardiovasculaires pourraient persister après quelques années.

Par ailleurs, la maladie a un impact sur la santé mentale, avec un risque de développer une anxiété ou une dépression. Certaines études évoquent aussi des troubles du stress post-traumatique parmi les patients qui ont été admis en réanimation.

Qui sont les personnes à risque de développer une forme grave de la maladie ?

L’analyse des données épidémiologiques montre que l’âge (plus de 65 ans) et le sexe (masculin) favorisent le développement d’une forme grave de la maladie. Elle montre aussi que les personnes souffrant de certaines pathologies ont plus de risque de développer une forme grave de Covid-19 que les autres. Il s’agit principalement de :

  • pathologies cardiovasculaires (hypertension artérielle compliquée, antécédents d’AVC ou de chirurgie cardiaque…) ;
  • diabète mal équilibré ou compliqué ;
  • pathologies chroniques respiratoires (asthme sévère ou mal contrôlé, BPCO…) ;
  • insuffisance rénale (sujets en dialyse) ;
  • obésité (IMC supérieur à 30 kg/m²).

En raison d’un risque présumé, les recommandations incluent également cette liste :

  • immunodépression (liée à un médicament, à un cancer, au VIH...) ;
  • cirrhose avancée ;
  • syndrome drépanocytaire majeur ;
  • grossesse (troisième trimestre).

Pour les personnes concernées par ces dernières situations, le risque est extrapolé à partir des connaissances sur des maladies virales respiratoires mieux connues, comme la grippe, le SARS-CoV ou le MERS-CoV, mais les données épidémiologiques ne permettent pas de le confirmer avec certitude à ce jour.

En France, les plus de 65 ans représentent trois quarts des personnes diagnostiquées qui nécessitent une hospitalisation et la moitié de celles qui nécessitent une réanimation. Les 45-64 ans comptent pour un peu moins de 20% des hospitalisations.

Par ailleurs, les hommes sont 2 à 3 fois plus nombreux que les femmes à présenter une forme de la maladie qui nécessite une admission en réanimation.

Qui décède de la Covid-19 ?

Selon les données disponibles début novembre 2020, plus de 9 patients sur 10 décédés de la Covid-19 sont âgés d’au moins 65 ans. Les décès sont exceptionnels chez les moins de 15 ans (0,05% chez les 5-17 ans), mais concernent environ 8% des personnes septuagénaires infectées et 15% de celles de plus de 80 ans.

Comment la maladie se présente-t-elle chez les enfants ?

Les moins de 18 ans représentent moins de 10% de l’ensemble des cas diagnostiqués. Chez les enfants en bonne santé, l’infection par le SARS-CoV-2 est asymptomatique ou provoque des formes modérées de la maladie. Les troubles digestifs sont plus souvent retrouvés que chez les adultes, parfois même sans autre symptôme associé.

Les formes graves sont plus rares et leur pronostic est meilleur que chez les adultes. Comme chez ces derniers, elles surviennent plus fréquemment en cas de maladies préexistantes : les enfants qui ont une maladie respiratoire chronique (asthme sévère), une cardiopathie congénitale, une maladie neurologique (épilepsie) ou un cancer ont un risque d’admission en réanimation lié à la Covid-19 trois fois plus élevé que les autres enfants. Cependant, le risque absolu de forme grave reste faible. Il est comparable à celui rapporté en cas d’infection par d’autres virus respiratoires.

Par ailleurs, des cas de complications ressemblant à celles de la maladie de Kawasaki ou du syndrome du choc septique ont été observés chez des enfants, dans différents pays. Il s’agit de syndromes inflammatoires affectant tout l’organisme ("syndromes inflammatoires multisystémiques"), dans lesquels l’état général de l’enfant est dégradé, à risque de complications cardiaques ou respiratoires. La fréquence de ces cas est néanmoins faible et le risque de décès associé est inférieur à 2%.

Comment la maladie se présente-t-elle chez les femmes enceintes ?

Au troisième trimestre de grossesse, les femmes enceintes sont considérées comme des personnes à risque présumé de développer une forme sévère de Covid-19, comme c’est le cas pour d’autres pneumonies infectieuses. Ce risque est lié aux bouleversements physiologiques associés à la grossesse. Pour autant, la grande majorité de ces femmes présentent des symptômes habituels et non sévères de l’infection à SARS-CoV-2, principalement de la fièvre, une toux et/ou une dyspnée, avec une évolution clinique normale.

Concernant l’enfant à naître, quelques études laissent penser qu’il existe un sur-risque de prématurité, de retards de croissance intra-utérins ou de décès néonatals. Si l’infection par SARS-CoV-2 peut être favorisante, des facteurs propres à la mère ou au déroulement de la grossesse pourraient aussi intervenir. Les études disponibles sur le sujet étant encore parcellaires, il convient d’être prudent et d’assurer un bon suivi de la grossesse. L’impact potentiel du virus plus tôt dans la grossesse a également été peu étudié à ce jour.

Jusqu’à présent, la transmission du virus in utero à l’enfant en gestation n’a été rapportée et confirmée que pour deux femmes enceintes, selon les données de la littérature internationale. La communauté scientifique reste prudente, estimant que si cette voie de transmission est possible, elle est très rare. En pratique, on assiste plus souvent à la transmission du virus dans les toutes premières heures suivant la naissance, par contact direct de la mère infectée avec son nouveau-né. L’évolution de la maladie chez le nouveau-né est sans gravité dans la grande majorité des cas.

À lire aussi : Les femmes enceintes plus à risque de complications liées au Covid-19, vraiment ? (Canal Détox du 01.09.20)

Peut-on acquérir une immunité contre la maladie ?

Il est établi que l’infection par le SARS-CoV-2 induit une réponse immunitaire. La plupart des personnes infectées produisent des anticorps (immunoglobulines ou Ig) dirigés contre une protéine présente en surface du virus, la protéine S (Spike). La production des Ig de type M (IgM) et de type G (IgG) débute après la première semaine et atteint un pic entre la 2e et la 3e semaine suivant l’infection. Ensuite, le taux de ces anticorps semble décroître avec le temps, mais il n’est pas encore possible de préciser combien de temps leur présence persiste.

Néanmoins, il est difficile de savoir si le fait d’avoir été infecté par le virus implique que l’on est immunisé : si ces anticorps sont bien développés, ils ne sont pas forcément neutralisants, c’est-à-dire capables de bloquer le virus pour empêcher le développement de la maladie. Ainsi, la présence d’anticorps témoigne avant tout du fait que l’organisme a été en contact avec le virus, sans que l’on soit certain qu’elle offre une protection contre une nouvelle infection.

Par ailleurs, même en présence d’anticorps neutralisants, il est difficile de dire combien de temps l’immunité procurée persistera. Si elle ne dure que quelques mois, il est possible d’être réinfecté au-delà de ce délai.

De rares cas de réinfection ont été rapportés à travers le monde : ils pourraient être dus à un défaut de réponse immunitaire. Ces réinfections pourraient aussi s’expliquer par le fait que les personnes qui ont eu une forme atténuée ou asymptomatique de Covid-19 semblent développer moins d’anticorps que celles qui ont présenté des symptômes importants. Les études se poursuivent à ce sujet.

À lire aussi : Être réinfecté par le SARS-CoV-2, vraiment ? (Canal Détox du 27.10.20)

Les tests : comment s’y retrouver ?

Il existe trois grands types de tests : les tests virologiques et les tests antigéniques, qui recherchent la présence du virus dans l’organisme à un instant donné, et les tests sérologiques, qui détectent les anticorps produits par l’organisme suite à l’infection par le SARS-CoV-2. Les premiers permettent d’établir si on est porteur du virus au moment du test, tandis que les seconds permettent de savoir si on a déjà été infecté par le virus, qu’on ait présenté des symptômes ou non.

Les tests virologiques

Ils détectent le matériel génétique du virus grâce à une méthode qui permet d’amplifier des fragments du génome viral présent dans un prélèvement (RT-PCR).

Il existe deux types de tests virologiques :

  • ceux réalisés à partir d’un prélèvement nasopharyngé de cellules de la muqueuse respiratoire ;
  • ceux, plus récents, réalisés à partir d’un prélèvement salivaire.

Les premiers sont plus sensibles que les seconds et, de ce fait, les tests sur prélèvement salivaire sont plutôt réservés aux personnes qui présentent des symptômes, afin de réduire le risque de résultats faussement négatifs. Les tests nasopharyngés restent la méthode de référence.

En moyenne, le virus est détectable dans les prélèvement nasopharyngés 2 ou 3 jours avant l’apparition des symptômes et 7 à 10 jours après environ. Il est donc peu utile de réaliser un test passé ce délai. Toutefois, certaines personnes conservent des traces de matériel génétique du virus au niveau de l’épithélium respiratoire une fois la maladie terminée. Il est donc possible qu’un test soit positif une à deux semaines suivant la fin des symptômes, alors que l’individu n’est plus contagieux.

Les tests antigéniques

Ils détectent une des protéines du virus (généralement la protéine de nucléocapside N) dans un prélèvement nasopharyngé ou nasal, simplement mélangé à un réactif. La mise en œuvre du test est semblable à celle des tests de grossesse : quelques gouttes du mélange sont déposées sur une bandelette qui change de couleur en fonction de la présence ou de l’absence du virus dans le prélèvement. Le résultat est connu en moins d’une heure.

Le principal avantage de ces tests est d’être plus simple et rapide à conduire que les tests virologiques de référence (RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé). Ils sont cependant moins sensibles et une confirmation du résultat par RT-PCR peut être nécessaire

En savoir plus sur la place des tests antigéniques dans le dépistage/diagnostic de la Covid-19 (HAS, 08.10.20)

Les tests sérologiques

Ils détectent des anticorps spécifiques dirigés contre le SARS-CoV-2, à partir d’un échantillon de sang. Ces tests sont réalisés en laboratoire. Des tests rapides d’orientation diagnostique (TROD) sont disponibles en pharmacie de ville : ils reposent sur le même principe, sont plus faciles à réaliser, mais moins sensibles. Leur résultat nécessite une confirmation par un test sérologique en laboratoire.

Lorsqu’un test sérologique est positif, la présence d’anticorps indique qu’on a été infecté par le SARS-CoV-2, mais cela ne permet pas de savoir si on est contagieux, ni si les anticorps détectés nous confèrent une immunité contre une nouvelle infection.

En savoir plus sur la place des tests sérologiques dans la prise en charge de la Covid-19 (HAS, 02.05.20)

Comment prévenir et traiter la Covid-19 ?

Quelles sont les mesures actuelles de prévention de l’infection ?

Limiter la propagation de l’infection passe par l’application de plusieurs principes :

  • respecter des distances physiques d’au moins 1 ou 2 mètres avec un tiers ;
  • se laver régulièrement les mains à l'eau et au savon, ou réaliser une friction avec un produit hydro-alcoolique ;
  • se couvrir systématiquement le nez et la bouche quand on tousse ou éternue ;
  • se moucher dans un mouchoir à usage unique et le jeter immédiatement ;
  • éviter de se toucher le visage, en particulier le nez, la bouche et les yeux ;
  • porter un masque ;
  • aérer les espaces fermés ;
  • s’isoler en cas de symptômes.

Chacune de ces mesures a ses limites, et c’est donc en les conjuguant qu’on réduit au minimum le risque de propagation du virus.

Le modèle de l’emmental appliqué à l’épidémie liée au coronavirus SARS-CoV-2. Source : Ian M. MacKay. Traduction : Nathalie Clot.

La preuve de l’utilité de ces différentes mesures découle essentiellement des enseignements tirés de données observationnelles recueillies lors de précédentes épidémies. Cependant, une analyse a compilé les données de plus de 200 études menées dans 16 pays et 6 continents depuis le début de l’épidémie de Covid-19 : elle confirme que la transmission du virus diminue lorsque la distance physique entre les personnes est supérieure à 1 mètre et qu’au-delà, le risque d’infection continue à diminuer avec l’augmentation de la distance. Le masque diminue également fortement le risque de contamination, avec une efficacité des masques FFP2 supérieure à celle des masques chirurgicaux ou en coton. La même étude montre que, dans une moindre mesure, une protection oculaire peut également réduire le risque.

Covid-19 : plusieurs approches de distanciation sociale pour lutter contre l’épidémie - animation pédagogique - 2 min 30 Mise en quarantaine des malades, confinement total ou limitation des contacts avec isolement rapide des cas : autant de mesures qui ont chacune un effet sur la transmission d’un virus tel que que le SARS-CoV-2 au niveau d'une population. Leur mise en œuvre évite aux services de santé d’être submergés, aussi bien dans le cadre d’une première flambée épidémique que dans celui d’une éventuelle seconde vague.

Comment les malades sont-ils soignés à ce jour ?

Il n’existe pas encore de traitement antiviral efficace contre le SARS-CoV-2. Le traitement de la maladie consiste donc à en soulager les symptômes.

Il est conseillé de consulter un médecin qui prescrira un traitement adapté au patient. Le médecin peut aussi s’assurer que le malade ne présente pas de signes de gravité de la maladie ou de risques de complications qui nécessitent un suivi plus étroit, un traitement spécifique, voire une hospitalisation : fréquence respiratoire accrue, hypotension artérielle, confusion, déshydratation, altération brutale de l’état général...

À l’hôpital, une oxygénothérapie et une prévention des thromboses veineuses peuvent être mises en place, en complément des traitements symptomatiques. En cas d’aggravation, les soins apportés pallient les défaillances présentées par le patient, qu’elles soient respiratoires (intubation, respirateur…), cardiovasculaires (anti-arythmiques, anticoagulants…) ou encore rénales (dialyse…).

Depuis le début de l’épidémie, l’évolution des protocoles de prise en charge des complications a permis d’améliorer le pronostic et de réduire la durée d’hospitalisation et la fréquence des décès associés à la maladie.

Quelles sont les pistes de traitement en développement ?

Plusieurs pistes sont envisagées pour lutter contre la Covid-19 :

  • le développement d’antiviraux, qui visent à inhiber l’entrée ou la réplication du virus dans les cellules ;
  • celui d’immunomodulateurs, pour contrôler les dérégulations de la réponse immunitaire responsables des principales complications associées à la maladie ;
  • la mise au point d’immunothérapies, pour procurer au patient une immunité contre le virus, à visée thérapeutique ou préventive.

Jusqu’à présent, les essais cliniques qui ont été conduits ont principalement utilisé des médicaments déjà prescrits dans d’autres maladies. On parle de repositionnement thérapeutique. L’avantage de cette approche est que la toxicité et la posologie des molécules sont déjà connues, ce qui permet d’accélérer le processus d’évaluation. Parallèlement, de nouveaux médicaments sont aussi développés, mais ce processus est plus lent et n’a pas encore abouti à des données cliniques probantes.

Où en est la recherche clinique dans le développement de médicaments ?

Plus de 1 500 essais cliniques sont conduits à travers le monde pour trouver des thérapeutiques efficaces contre la maladie. Ils évaluent des médicaments déjà disponibles, que ce soit des antiviraux ou des immunomodulateurs. Certaines de ces molécules semblent réduire la durée des symptômes liés à la maladie, mais à ce jour, seuls les corticoïdes (dexaméthasone, hydroxycortisone) ont prouvé avec certitude qu’ils réduisaient la mortalité de plus de 30% dans les formes graves de Covid-19. Cependant, il est possible que l’association de plusieurs molécules permettent d’obtenir des résultats plus convaincants qu’avec des monothérapies. Les recherches se poursuivent donc.

Où en sont les recherches en immunothérapie (vaccin, plasma, anticorps) ?

Deux méthodes qui permettent de conférer une immunité contre le SARS-CoV-2 sont à l’étude.

Le développement de vaccins préventifs

La recherche clinique est très active dans ce domaine avec une quarantaine de vaccins en phase d’études cliniques et près de 150 en développement préclinique. Parmi les différents candidats vaccins, certains utilisent des approches classiques (virus vivant atténué), mais des techniques plus originales sont envisagées comme la vaccination par administration d’un virus modifié génétiquement pour comporter des gènes spécifiques du SARS-CoV-2, ou par administration d’un ARN codant pour une partie du virus. La recherche clinique avance vite et plusieurs candidats vaccins ont prouvé qu’ils permettaient la production d’anticorps spécifiques chez les personnes vaccinées. Les données d’études de phase 3 seront déterminantes car elles permettront de savoir si les anticorps développés ont des propriétés et un taux suffisant pour neutraliser le virus et éviter le développement de la maladie en cas d’infection.

Covid-19 : Quelles sont les 3 étapes majeures de la fabrication d'un vaccin ? - animation pédagogique - 2 min 58

La mise au point d’anticorps thérapeutiques

L’administration directe aux malades d’anticorps ciblant le SARS-CoV-2 (immunothérapie passive) a été utilisée dès les premiers mois de l’épidémie, à titre compassionnel, en administrant aux plus sévèrement atteints les anticorps produits naturellement par des patients guéris de la maladie. À ce jour, les conclusions des différentes études cliniques sont contrastées, mais suggèrent que cette approche pourrait être plus volontiers pertinente chez les patients immunodéprimés.

Par ailleurs, plusieurs laboratoires développent des anticorps monoclonaux spécifiques, produits à partir de cellules immunitaires modifiées par génie génétique pour réagir contre l’un des antigènes du virus. Cette approche pourrait réduire le risque d’aggravation de la maladie. Des essais cliniques sont en cours.

Comment l’Inserm intervient dans la lutte contre la Covid-19 ?

L’Inserm s’est fortement impliqué dans la lutte contre la Covid-19 dès le début de la pandémie. De très nombreux chercheurs, de toutes les disciplines (virologie, immunologie, épidémiologie, chimie, biochimie, biologie moléculaire, sciences humaines et sociales…), ont immédiatement réorienté leurs travaux pour participer à l’effort mondial visant à nous donner les moyens de combattre ce virus inconnu il y a encore quelques mois.

Leurs travaux s’attachent à mieux comprendre ce virus, notamment afin d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques, ainsi que la maladie qu’il provoque. Le suivi de cohortes de patients permet par exemple de rassembler des données sur l’évolution de la maladie dans différentes populations (en fonction de l’âge, de pathologies préexistantes…) et de mettre en évidence les facteurs de risque de forme grave de Covid-19.

De nombreux projets de recherche portent évidemment sur l’identification ou le développement de traitements, qu’il s’agisse d’antiviraux, d’immunomodulateurs ou encore d’immunothérapies, notamment des vaccins.

Des équipes Inserm participent en outre à la surveillance de l’épidémie et des effets des mesures mises en œuvre pour la contrecarrer. De nombreuses études sur divers impacts (sociaux, médicaux...) de la pandémie et du confinement sont également conduites.

Pour en savoir plus sur les recherches contre la Covid-19 à l’Inserm, consultez régulièrement nos actualités et nos communiqués de presse. À lire notamment :

REACTing, la réponse française aux maladies infectieuses émergentes

Coordonné par l’Inserm, le consortium REACTing coordonne la recherche française en cas d’épidémie. Face la crise sanitaire liée à la Covid-19, il s’est rapidement mis en ordre de bataille pour identifier les priorités de recherche. Plusieurs groupes de travail (Task force Nouvelles approches thérapeutiques, Task force Vaccins Covid-19, Task force Modèle animal, Task force Modélisation et Task force Numérique) ont été formés dans ce but, et évaluent les projets de recherche soumis au consortium par des équipes scientifiques localisées dans toute la France et à l’international.

Outre son rôle de coordinateur, le consortium encourage le partage des données sur l’épidémie et promeut les bonnes pratiques et la normalisation de la collecte de données dans la recherche clinique. Il s’efforce aussi d’informer. Avec l’aide du pôle Expertises collectives de l’Inserm, REACTing sélectionne toutes les semaines les publications scientifiques les plus pertinentes afin que les acteurs de la réponse à la pandémie puissent avoir un aperçu général de la recherche sur la Covid-19, et prendre les décisions adéquates.

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A lire aussi :

Micrographie électronique à transmission de particules du virus SARS-CoV-2, isolées d'un patient. Image capturée et colorée au centre de recherche intégré (IRF) du NIAID à Fort Detrick, Maryland. Crédit : NIAID

Quelques liens pour suivre l'évolution de la situation

SRAS-CoV et MERS-CoV : les épidémies de 2003 et 2012

Cette partie du dossier a été rédigée et validée en 2015.

Les Coronavirus (CoV) forment une immense famille de virus possédant un génome à ARN extrêmement long (plusieurs milliers de nucléotides). Ils sont entourés d’une capsule de protéines en forme de couronne qui leur vaut leur nom. Il existe de nombreux sous-types de coronavirus infectant différentes espèces animales. L’Homme peut en héberger au moins cinq, parmi lesquels les plus courants sont HCoV-229 et HCoV-OC43.

Très répandus, ces virus sont associés à des rhumes et des syndromes grippaux bénins. Ils peuvent également infecter l’Homme sans déclencher de symptômes ou, à l’inverse, être impliqués dans des complications respiratoires de type pneumonie chez des personnes immunodéprimées ou des nourrissons.

Ces virus se transmettent facilement d’homme à homme par voie aérienne, au contact de sécrétions ou à celui d’objets contaminés, particulièrement en période hivernale. La période d'incubation qui précède l’apparition des symptômes dure 3 à 6 jours et les traitements, s’ils sont nécessaires, sont symptomatiques (traitement de la fièvre, des congestions ou des douleurs éventuelles). Néanmoins, les infections à coronavirus ne sont habituellement pas diagnostiquées en raison de leur caractère bénin et de leur guérison spontanée.

L’épidémie de Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV)

Le SRAS-CoV est le premier coronavirus qui a entrainé une maladie grave chez l’Homme. Il a sévi sous forme épidémique entre novembre 2002 et juillet 2003. Plus de 8 000 cas ont été recensés dans 30 pays (dont près de 20% chez des soignants) et 774 personnes sont décédées (soit près de 10% de mortalité).

L’épidémie est partie de quelques cas dans la province du Guangdong, en Chine du Sud-Est, suite à la consommation de viande de civette infectée. Ces cas ont ensuite déclenché une chaîne de transmission interhumaine. Plusieurs cas graves sont survenus dans différentes villes des environs de Guangzhou, puis le virus a été introduit à Hong Kong en février 2003. Il s’est ensuite propagé au Vietnam, à Singapour, au Canada, aux Philippines, au Royaume-Uni ou encore aux Etats-Unis, suite aux déplacements de personnes infectées. Il a été possible d’établir un lien entre plus de la moitié des infections et un seul patient arrivé à Hong Kong le 21 février 2003 !

Comme avec les coronavirus communs, la transmission du SRAS-CoV a eu lieu de personne à personne par voie aérienne via des gouttelettes respiratoires, par contacts directs avec des sécrétions ou liquides biologiques, ou encore par l’intermédiaire d’un objet contaminé. Néanmoins, le SRAS-CoV était modérément transmissible et une fraction de patients semblait incapable de le transmettre. A l’inverse, quelques cas ont été à l’origine de très nombreux cas secondaires. Les experts ont parlé de super contaminateurs. Ce phénomène pourrait être dû à la charge virale transmise au moment de la contamination et au stade de l’infection.

L’épidémie a pu être contrôlée grâce à une alerte mondiale déclenchée le 12 mars 2003 par l’Organisation mondiale de la santé, l’arrêt de la consommation de civettes en Chine, la détection précoce des cas suspects, l’isolement des malades dès les premiers symptômes, la prise en charge des personnes avec qui ils avaient été en contact et la protection des soignants.

Et en France ?

Lors de l’épidémie de 2003, en France, tous les cas possibles de Sras devaient être signalés et les patient étaient placés en isolement strict. Les personnes contacts étaient également mises en quarantaine pendant 10 jours (à domicile) et suivies quotidiennement. Au total, 437 cas possibles de Sras ont été signalés entre mars et juillet 2003 et 77 personnes contacts ont fait l’objet d’un suivi. Sept cas probables ont été identifiés, dont un est décédé. Aucune transmission secondaire n'a été mise en évidence.

L’épidémie de Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV)

Les premiers cas d’infection par le MERS-CoV remontent à 2012, en Arabie Saoudite. La transmission du virus se poursuit aujourd’hui à faible ampleur : à ce jour, les autorités sanitaires ont recensé 1 589 cas et 567 décès dans 26 pays (soit un taux de létalité d’environ 30%), principalement dans la péninsule arabique mais également en Corée du Sud. En France, deux cas ont été diagnostiqués en 2013, dont un cas de transmission secondaire. Les patients avaient été isolés au CHRU de Lille, empêchant toute diffusion du virus. 

Le virus semble transmis à l’Homme par le dromadaire via des sécrétions (urine, lait de chamelle…). Plusieurs cas de transmission inter-espèce sont à l’origine de différents foyers épidémiques humains. La transmission d’homme à homme a lieu  par voie aérienne, via des gouttelettes en suspension dans l’air. Mais le virus est faiblement transmissible. Néanmoins, un patient hospitalisé en Corée du Sud est à l’origine de 154 contaminations.

L’Organisation mondiale de la santé surveille activement la diffusion du virus et recense les nouveaux cas afin de mettre à jour régulièrement la liste des pays touchés. L’enjeu est de contenir l’épidémie. Des mesures de prévention concernant les contacts avec les dromadaires, des barrières mécaniques comme le port d’un masque ou d’une blouse pour les soignants, le lavage des mains et surtout l’isolement des patients aux symptômes suspects, sont efficaces.

A l’heure actuelle, aucun traitement spécifique ou vaccin n’est disponible contre ce virus qui frappe plus sévèrement les personnes immunodéprimées ou atteintes de pathologies chroniques (diabète, insuffisance rénale, infection pulmonaire chronique...).

Des symptômes très variables pour le SRAS-CoV et le MERS-CoV

Les infections par le SRAS-CoV et le MERS-CoV sont asymptomatiques chez certaines personnes. Elles peuvent induire une simple fièvre accompagnée de toux chez d’autres. Mais, elles peuvent aussi entrainer une détresse respiratoire aigüe et le décès de la personne infectée.

Les premiers symptômes sont peu spécifiques comme une fièvre, des douleurs musculaires, des céphalées, de la fatigue. De 2 à 7 jours plus tard pour le SRAS-CoV et de 5 à 15 jours pour le MERS-CoV, apparaissent des symptômes respiratoires comme une toux sèche, des difficultés à respirer et un manque d’oxygène, ainsi qu’une dégradation de l’état général avec notamment des diarrhées fréquentes, mais également des troubles hépatiques ou urinaires, des étourdissements ou encore des problèmes neuromusculaires. La plupart des malades ont une radiographie thoracique ou une tomodensitométrie anormale dès les premiers jours de la maladie, même en l’absence de signes respiratoires. Les cas sévères évoluent en détresse respiratoire qui nécessite des soins intensifs (oxygénothérapie, ventilation assistée…).

Le diagnostic peut être posé de différentes façons : à partir d’une culture virale d’un prélèvement réalisé sur un malade, par le titrage de l’anticorps neutralisant contre ce virus, ou encore par la détection du matériel génétique du virus (par RT-PCR).

Il n’existe pas de médicament spécifique contre ces virus : la prise en charge repose sur des traitements symptomatiques et des soins de support.

Comment ces virus émergents parviennent chez l’Homme ?

Le SRAS-CoV et le MERS-CoV ont tous deux la chauve-souris comme réservoir. Le virus est asymptomatique chez cet animal. Un hôte intermédiaire est nécessaire à la transmission de ces virus à l’Homme : la civette palmiste masquée pour le SRAS-CoV, vendue sur les marchés et consommé dans le sud de la Chine, et le dromadaire pour le MERS-CoV.

Le virus passe chez l’Homme via les sécrétions animales, dans des conditions particulières qui restent à identifier. Des mutations génétiques facilitent probablement cette transmission inter-espèce, permettant au virus d’être reconnu par des récepteurs présents à la surface des cellules humaines. Néanmoins, il est difficile de croire qu’une à deux mutations puissent déclencher à elles seules ce passage. Pour le SRAS-CoV une poignée de contaminations serait à l’origine de la majorité des cas via une chaine de transmission humaine associée à des déplacements des personnes contaminées à travers le monde. Alors que pour le MERS, plusieurs personnes ont été contaminées depuis l’animal et ont transmis le virus en petits foyers épidémiques.

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