Aude Bernheim : chercheuse et militante

Spécialiste en microbiologie et en génétique, Aude Bernheim se distingue aussi par son fort engagement associatif. Quand elle ne se consacre pas à traquer les ressemblances entre l’immunité des bactéries et celle des êtres humains, la jeune chercheuse agit pour gommer les différences de traitement entre les femmes et les hommes de science…

Chercheuse, activiste, autrice. À 32 ans, Aude Bernheim cumule déjà beaucoup de casquettes. Récemment, elle a été lauréate d’un financement du Conseil européen de la recherche (ERC) ainsi que d’un financement Atip-Avenir, pour constituer son propre laboratoire de recherche et poursuivre ses travaux sur les capacités des bactéries à lutter contre les virus. Un sujet émergent qui la passionne depuis près de 10 ans, mais auquel aucune équipe française n’était jusqu’ici totalement dédiée.

« Ce financement européen d’1,5 million d’euros va me permettre d’étudier la conservation de certains gènes qui régissent l’immunité antivirale des bactéries, mais aussi celle des cellules d’animaux, dont les humains », résume la chercheuse. À l’interface de la bio-informatique et de la microbiologie, ce projet trouve ses racines dans les travaux qu’elle a démarrés en thèse, à partir de 2014. « Je travaillais alors sur les systèmes CRISPR-Cas, ces enzymes produites par les bactéries pour lutter contre les virus qui les infectent, les bactériophages. Le potentiel de ces outils bactériens au service de la santé humaine a motivé une forte dynamique de recherche sur le sujet. »

Depuis, au-delà de la découverte des CRISPR-Cas, plus de 60 systèmes bactériens capables de lutter contre les bactériophages ont pu être recensés. « Lors de mon post-doctorat, j’en ai moi-même identifié deux : la vipérine et les rétrons. Or, il a été rapidement observé que certains de ces outils moléculaires pouvaient être retrouvés dans les cellules non bactériennes, dont celles des humains ! » C’est notamment le cas de la vipérine. Ainsi, malgré l’extrême variabilité génétique des bactéries, il existerait une conservation évolutive de certaines de ces armes antivirales.

« Aujourd’hui, notre projet financé par l’ERC vise à explorer cette conservation, à la fois pour mieux comprendre comment les bactéries se défendent contre les bactériophages, mais aussi pour évaluer comment nous pourrions exploiter ces propriétés antivirales pour combattre des virus pathogènes pour l’humain. » La chercheuse et l’équipe qu’elle a recrutée travaillent en deux temps : une première phase de génomique comparative conduite in silico leur permet de poser des hypothèses qu’ils évaluent ensuite grâce à un travail expérimental de microbiologie.

La pan-immunité bactérienne

De façon intéressante, les gènes codant pour les différentes enzymes antivirales sont situés les uns à côté des autres au sein du génome bactérien. Cette particularité facilite les analyses bio-informatiques qui visent à découvrir de nouveaux systèmes antiviraux. Avec Florian Tesson, doctorant au sein de son laboratoire, la chercheuse a établi un algorithme pour caractériser le nombre et la nature des systèmes de protection présents chez une souche bactérienne. « En étudiant plus de 21 000 génomes bactériens, nous avons observé que les bactéries possédaient en moyenne 5 systèmes différents. Mais il existe une grande diversité entre espèces et même au sein d’une même espèce : le nombre de systèmes présents peut varier de 0 à 57 ! » Aude Bernheim pose donc l’hypothèse que les bactéries ne se protègent pas individuellement, mais collectivement : avec leurs congénères, elles disposeraient d’un système immunitaire commun dont le fonctionnement repose sur leur capacité à se transférer facilement les gènes nécessaires à leur défense.

Avec Vincent Libis et Helena Shomar, chercheurs dans son unité, elle souhaite aussi conduire une étude à partir d’échantillons de terres prélevés partout en France. En analysant les bactéries et les bactériophages qui s’y trouvent, ils espèrent pouvoir identifier d’autres mécanismes immunitaires bactériens d’intérêt en santé humaine. « Pour cela, nous allons proposer à des citoyens volontaires de nous envoyer des échantillons de leur environnement. Outre une large diversité d’échantillonnage, ce sera aussi le moyen de sensibiliser concrètement la population à l’importance de la biodiversité des sols », explique Aude Bernheim.

Pour une science participative et inclusive

Ce projet de science participative n’a rien de surprenant au regard du parcours de la chercheuse : elle a exploré les approches interdisciplinaires et novatrices de recherche en sciences de la vie dès ses études supérieures. Cette expérience s’est d’ailleurs révélée déterminante à plus d’un titre : « Durant mon master 2, j’ai choisi de faire de la recherche en biologie mon cœur de métier. Jusqu’alors, je savais vouloir agir pour que la science ait toute sa place dans la société, mais j’hésitais entre cette option et celle de m’engager en politique publique autour de ces questions. J’ai finalement choisi la recherche, mais en m’engageant parallèlement dans l’activisme associatif. » Pour cela elle a co-créé WAX Science (What About Xperiencing Science), une association qui souhaite favoriser la mixité dans les sciences et casser les stéréotypes de genre dans et par la science. « Au cours de cette même année de master 2, dans le cadre d’un club étudiant de vulgarisation scientifique, Flora Vincent et moi-même avons gagné un concours européen de vidéos qui visait à sensibiliser le grand public à la place des femmes en sciences. Ce projet nous a fait prendre conscience de l’ampleur du problème. Il nous a été impossible d’abandonner le sujet par la suite. » D’où la création de l’association WAX Science. Dans la foulée, les deux jeunes chercheuses rédigent un livre, L’intelligence artificielle, pas sans elles !. L’ouvrage attire l’attention du grand public et des décideurs sur l’absence de femmes dans le secteur des algorithmes, et sur les risques de reproduction, voire d’amplification, des stéréotypes de genre qui en découlent si rien n’est fait pour y remédier.

« J’ai le privilège fou de pouvoir faire de la recherche. Mais ce parcours qui m’avait semblé classique m’est rétrospectivement apparu semé de difficultés liées au fait que je suis une femme, reconnaît Aude Bernheim. Agir pour que la science soit plus inclusive n’est donc pas un choix à mes yeux, mais une nécessité. On me demande souvent comment je concilie ces deux activités, mais je me demande plus volontiers comment je pourrais ne pas le faire. Ce sujet est trop important, je ne peux pas ne pas m’y investir pour faire bouger les choses. »

Note :
* unité 1284 Inserm/Université Paris Cité, équipe Molecular Diversity of Microbes, Learning Planet Institute Research, Paris

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