Déployer la médecine génomique

L’essor de la génomique transforme profondément la recherche biomédicale. En France, l’Inserm joue un rôle clé dans ce déploiement en soutenant des projets innovants et des infrastructures de pointe. Du séquençage à grande échelle à l’analyse des données, et jusqu’à la mise au point de thérapies et à leur production, ces avancées ouvrent la voie à une médecine plus personnalisée.

Un article à retrouver dans le rapport d’activités 2025 de l’Institut

La médecine génomique est déjà une réalité : en utilisant les informations issues du séquençage du génome d’une personne, d’une tumeur ou d’un agent pathogène, elle permet de préciser un diagnostic, d’adapter un traitement ou encore de développer des moyens de prévention. Dans ce domaine à forte compétitivité internationale, la France a lancé dès 2016 le plan France médecine génomique 2025. Ses ambitions ? Permettre un accès équitable à cette médecine pour les patients atteints de maladies rares, de cancers ou à haut risque héréditaire de cancer, et encourager une activité de recherche autour des données de séquençage. Dix ans plus tard, un second plan est en préparation.

60 000 prescriptions d’analyse génomique

Depuis le début de leur activité, les laboratoires de séquençage génomique ont reçu près de 60 000 prescriptions. Quelque 37 000 patients atteints de maladies rares ou avec une prédisposition héréditaire au cancer ont reçu un compte rendu après séquençage de leur génome. Pour 30 % d’entre eux, un diagnostic a été posé. Quant aux patients atteints de cancers, 10 000 ont vu leur génome séquencé, ce qui a permis d’identifier un variant génétique tumoral d’intérêt et d’orienter les propositions thérapeutiques dans 89 % des cas. « La France a réussi à implanter le séquençage du génome dans ses parcours de soins. Peu de pays y sont jusque-là parvenus, se réjouit Christel Thauvin, généticienne au Centre de médecine translationnelle et moléculaire, à Dijon, et copilote du plan France médecine génomique 2025. À noter toutefois que le modèle économique, sans coût pour le patient, n’existe pas à l’heure actuelle : tout est pris en charge par l’État, ce qui ne pourra pas durer. »

En parallèle, le séquençage génomique a démontré son intérêt majeur sur le diabète atypique, les sarcomes des tissus mous ou encore la déficience intellectuelle – pour les maladies rares, cette caractéristique constitue la première cause de consultation dans les centres génétiques pédiatriques. Le diagnostic est complexe : des centaines de gènes sont impliquées dans cette déficience, ce qui complique la prise en charge des patients et le conseil génétique lié aux éventuels risques de récurrence dans les fratries notamment. Un premier article de synthèse, publié en janvier 2026, a permis de démontrer l’efficacité, en première intention, du séquençage du génome complet comparée aux méthodes jusque-là utilisées. Un autre projet pilote du plan, Popgen, s’attelle à constituer une base de données locale sur les variations génétiques et leur fréquence à partir des informations de séquençage de volontaires de la cohorte Constances, représentatifs de l’Hexagone.

Du diagnostic au traitement

Une fois le génome décrypté, l’objectif est de proposer des thérapies géniques. Le laboratoire Physiologie et médecine expérimentale du cœur et des muscles, à Montpellier, s’intéresse aux maladies chroniques et d’origine génétique. « Nous abordons ici les maladies dans toutes leurs dimensions – cardiaque, musculaire périphérique, respiratoire, digestive, centrale – grâce à des travaux qui vont du gène aux symptômes cliniques des malades. Notre objectif est clairement de mieux comprendre ces maladies et d’apporter des solutions pour améliorer la vie des patients », explique Alain Lacampagne, directeur de cette unité Inserm. Entre autres projets : l’étude des récepteurs pour traiter simultanément plusieurs atteintes ; la mise au point de petites structures en 3D qui reproduisent certaines fonctions d’un organe pour tester de nouvelles thérapies… En décembre 2024, l’unité a été labellisée « pôle stratégique » par l’AFM-Téléthon et recevra 4,9 millions d’euros sur cinq ans. À la clé, le recrutement de nouveaux ingénieurs, doctorants et postdoctorants.

À Paris, la génomique sert aussi l’institut Imagine, où cohabitent 24 équipes de recherche Inserm, 4 laboratoires associés installés à l’hôpital Necker-Enfants malades, 18 plateformes technologiques et 31 centres de référence maladies rares. Leur cause commune : agir pour les maladies génétiques. Fin 2024, un premier essai clinique de thérapie génique pour traiter l’une des formes de la lymphohistiocytose familiale, une maladie rare du système immunitaire, a reçu le feu vert de l’Autorité nationale de sécurité du médicament et des produits de santé. Début 2026, un autre essai dédié à la drépanocytose, une maladie sanguine, a été autorisé : il testera un vecteur capable d’apporter un gène sain de l’hémoglobine dans les cellules souches du malade, couplé à un ARN messager (ARNm) qui diminue l’expression de la version mutée de cette protéine. « C’est un vecteur qui est la propriété de nos institutions, issu de la recherche publique », se félicite Marina Cavazzana, directrice du département de biothérapies de l’hôpital Necker et investigatrice principale de l’essai. Ce département, en collaboration avec l’équipe Inserm d’Annarita Miccio à l’institut Imagine, travaille à un nouveau protocole d’édition du génome qui utilise les ciseaux moléculaires CRISPR – le premier protocole français qui amène au lit du patient un traitement de rupture.

La production de traitements innovants

Autre maillon essentiel du déploiement de la génomique : la bioproduction des thérapies, portée, entre autres, par le programme et équipement prioritaire de recherche Biothérapies et bioproduction de thérapies innovantes, copiloté par l’Inserm et le CEA depuis 2021. « La pandémie de Covid-19 a révélé que les capacités de la France à produire des biothérapies et des médicaments thérapeutiques innovants étaient très limitées – le vaccin français est sorti tardivement, rappelle Sabrina Lizot, cheffe du programme pour l’Inserm. Nous avons à peine 20 ans de recul. Des recherches en amont sur les processus de production sont incontournables. » Parmi les projets accompagnés par le programme, Replibio a reçu en avril 2025 2,5 millions d’euros. Coordonné par Philippe Pasero, directeur de recherche Inserm à l’Institut de génétique humaine de Montpellier, il propose une solution innovante : créer des plasmides, des fragments d’ADN circulaires utilisés en thérapie génique, capables de se répliquer de manière autonome dans les cellules humaines. « C’est un vrai défi médical mais aussi productif : le coût de ces vecteurs est astronomique et leur production dépend de pays comme la Chine ou les États-Unis », explique Sabrina Lizot. À cet égard, le budget du programme prioritaire, 80 millions d’euros, est conséquent, mais reste limité pour accompagner l’excellence scientifique française dans sa globalité : en deux ans, seulement 10 projets ont pu être soutenus, sur 133 réponses reçues, laissant de côté des projets de très bonne qualité.

À Orléans, l’accélérateur de recherche technologique dédié à l’ARNm, inclus dans l’unité Inserm Intherna, est un véritable hub : il accompagne les équipes académiques et industrielles qui souhaitent intégrer les technologies à ARNm dans leurs projets. « C’est avant tout une opportunité d’appliquer nos savoir-faire et d’en acquérir de nouveaux. Les partenariats avec l’industrie permettent aussi de valoriser nos avancées », explique Chantal Pichon, directrice de l’accélérateur, qui collabore par exemple avec le Centre de recherche en cancérologie de Marseille pour la formulation des ARNm ou avec les instituts Pasteur et Curie sur différentes applications immunologiques. Ici, on tente aussi de faire tomber les verrous relatifs au fait que la production in vitro d’ARNm dépend très largement d’entreprises américaines. Financé par le Conseil européen de l’innovation, le projet Yscript, coordonné par Chantal Pichon, a permis de mettre au point une technologie de bioproduction d’ARNm fondée sur l’utilisation de levures, utilisées comme « cellules usines ». Cette technologie, brevetée, a bénéficié d’un deuxième financement européen, pour accompagner son industrialisation.

On parle aussi ARNm avec le projet AIR-MT, financé à hauteur de 3 millions d’euros dans le cadre du programme Impact santé de l’Inserm. L’approche des scientifiques est inédite : concevoir des vaccins et thérapeutiques à ARN innovants grâce à l’utilisation d’outils de pointe en intelligence artificielle. Ils travaillent ainsi sur les vaccins à ARNm, plus efficaces que les vaccins traditionnels et également plus faciles à fabriquer, mais qui nécessitent d’être conservés dans des congélateurs à −20 voire −70 °C. Pour les rendre plus stables, les chercheurs utilisent des méthyltransférases, des enzymes capables de modifier l’ARNm. « Grâce à l’intelligence artificielle, nous fabriquons de toutes pièces ces outils moléculaires et vérifions leur capacité à modifier un ARNm », s’enthousiasme Bruno Canard, qui dirige le projet AIR-MT.

En filigrane de ces avancées, une certitude : la génomique est en train de changer durablement la manière de comprendre et de soigner les maladies. Portée par l’Inserm, cette révolution est déjà à l’œuvre dans les laboratoires comme au chevet des patients. Reste désormais à franchir une nouvelle étape : consolider les financements, structurer les capacités de production et garantir un accès équitable à ces innovations.

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