La recherche au Sud n'existe pas en tant que telle, mais conduire des recherches au Sud (en partenariat) c'est s'inscrire dans une démarche politique de partenariat. La recherche en partenariat avec les pays du Sud, et plus particulièrement dans les pays à faible voire très faible revenu, est principalement une recherche translationnelle et qui concerne en très grande partie les maladies infectieuses. Cependant, on constate dans ces pays, l'émergence de pathologies non-infectieuses (cancer, maladies métaboliques et nutritionnelles, affections chroniques...) en rapport essentiellement avec un phénomène de transition épidémiologique.

Cette recherche en partenariat nécessite une approche globale, incluant la recherche, la formation et le renforcement des capacités. Trop souvent encore, les équipes du Nord utilisent le Sud comme une ressource de prélèvements biologiques, sans réel partage des tâches scientifiques et avec une totale méconnaissance des enjeux nationaux.

En France, seuls trois organismes de recherche (Institut Pasteur, IRD et CIRAD) ainsi que l'ANRS, sont familiers des enjeux et des contraintes de cette recherche.