L'Inserm est étroitement lié aux hôpitaux par l'implantation majoritaire de ses structures de recherche dans le périmètre des sites hospitalo-universitaires : CHU, Centres de lutte contre le cancer, facultés de médecine, de pharmacie ou d'odontologie, sites de l'EFS.

Alors qu’un objectif majeur s’impose - doter notre pays de pôles d’excellence à vocation triple : enseignement, recherche et soins - l'Inserm joue un rôle clé dans le triptyque universités/organismes de recherche/hôpitaux. L’institut est en effet le seul à même d’assurer avec efficacité la continuité de la recherche biologique et médicale, fondamentale et clinique.

L’Inserm est ainsi chargé d'organiser la représentation des organismes de recherche dans les Comités de recherche biomédicale et santé publique (CRMBSP) des 27 CHU.

Plus de 2 000 hospitalo-universitaires travaillent dans des structures de recherche Inserm et plus de 40% des structures Inserm sont dirigées par des PU-PH.

L’Inserm accueille les médecins

Avec son dispositif Postes d'accueil, l'Inserm renforce les liens entre recherche fondamentale et recherche clinique, thérapeutique et en santé publique, et poursuit sa politique de formation à la recherche par la recherche. Dans le cadre de ce dispositif, des unités ou des centres d'investigation clinique Inserm accueillent pour des médecins pour une durée de 2 ans. En 2016, 43 contrats de ce type étaient en cours, dont 18 nouveaux contrats ont été signés dans l’année.

Les contrats d'interface hospitaliers permettent quant à eux à des praticiens hospitaliers d’effectuer un travail de recherche à temps partiel, ou d'augmenter leur temps consacré à la recherche. Là encore les médecins sont accueillis dans des unités ou des centres d'investigation clinique Inserm. Huit nouveaux contrats seront signés au 1er semestre 2017, venant s'ajouter aux 38 contrats en cours.