Escherichia coli : des populations à la génétique très variable

Tenaillon O, et al. Nature Review Microbiology 2010 ; 8 : 207-17

Escherichia coli est une espèce versatile : à la fois bactérie aérobie commensale dominante du tube digestif, c’est aussi un pathogène tant intraqu’extra- intestinal, qui provoque chaque année plus d’un million de morts et plus de 100 millions d’infections. Pour mieux comprendre et contrôler cette espèce, il est nécessaire de caractériser sa structure de population au travers de la diversité des habitats qu’elle colonise en tant que bactérie commensale.

Malgré la présence d’échanges génétiques importants entre les souches, Olivier Tenaillon et ses collègues (unité Inserm 722, universités Paris 7 et Paris 13, hôpital Avicenne) ont pu montrer qu’une structure clonale domine, permettant d’identifier des groupes de souches de façon robuste et d’en étudier la prévalence. L’hôte et son environnement sont des déterminants majeurs de la diversité d’E. coli. Ainsi, le statut domestiqué ou non des animaux, ou encore le mode de vie occidentalisé ou non des humains, entraînent des différences majeures de portage des sous-groupes d’E. coli.Au travers de ces analyses, il émerge par ailleurs que de nombreux facteurs nécessaires à la virulence sont en fait sélectionnés pour leur action dans le tube digestif du sujet sain.

Croissance d’E. coli en colonies