Un espace chimique pour décupler le nombre de cibles thérapeutiques

Reynès C, et al. PLoS Comput Biol 2010 ; 6 : e1000695

Les interactions protéine-protéine (PPI) sont au cœur de mécanismes biologiques critiques et représentent donc des cibles thérapeutiques potentielles majeures. Cependant, les difficultés d’identification des petites molécules chimiques capables de moduler les PPI appellent un effort sans précédent pour comprendre les propriétés physico-chimiques nécessaires à cette fonction complexe. Plusieurs travaux avaient identifié une série de propriétés générales mais en termes exclusivement qualitatifs. L’utilisation de la chemo-informatique a permis à Olivier Sperandio et ses collègues (Inserm UMRS 973, université Paris-Diderot) de caractériser quantitativement un profil global des modulateurs de PPI. Ce type de composés semble être défini par des formes tridimensionnelles particulières et la présence d’un nombre critique de liaisons chimiques multiples. Ces résultats ont été implémentés dans le logiciel PPI-HitProfiler (www.CDithem.com) qui permet d’ores et déjà d’identifier les molécules de plus fort potentiel pour moduler les PPI. À moyen terme, ce type d’approches permettra non seulement de filtrer les molécules existantes, mais aussi de choisir les nouvelles molécules devant être synthétisées pour maximiser les chances de succès dans l’étude pharmacologique des 650 000 PPI humaines.